Em 1956 Harner conseguiu uma bolsa de estudos para viajar para a América do Sul para fazer um estudo etnográfico nas selvas do leste do Equador. Naquela época ele não sabia nada sobre xamanismo e com sua visão acadêmica moderna, pensava que xamãs eram pessoas malucas. Mas à medida que foi fazendo perguntas, aos poucos foi entendendo que eram capazes de mudar sua consciência à vontade para curar pessoas e para ver coisas que outras pessoas não enxergavam.
Depois, Harner foi convidado para uma expedição nas as selvas do Perú, onde encontrou um grupo isolado, num local remoto e lá ficou quase um ano. Num dado momento, viu 5 homens fazendo algo que não entendeu e perguntou se podiam explicar. Eles disseram que não, que se ele quisesse saber teria que experimentar por si mesmo, e ofereceram Ayahuasca. Harner aceitou... depois de uns 10 minutos ele começou a ver imagens no teto da choupana onde estavam. Teve visões profundas e compreendeu a sabedoria dos xamãs. Quando saiu da experiência, os indígenas disseram que nunca tinham conhecido alguém que em sua primeira experiência tivesse tanto conhecimento. E o xamã falou que ele poderia ser um mestre neste trabalho. Foi uma mudança de vida e desde então Harner passou a trabalhar com os xamãs. Sua experiência revelou que os xamãs não eram loucos, mas sim mestres do controle da consciência.